拥有财富、名声、权力，这世界上的一切的男人 “海贼王”哥尔·D·罗杰，在被行刑受死之前说了一句话，让全世界的人都涌向了大海。“想要我的宝藏吗?如果想要的话，那就到海上去找吧，我全部都放在那里。”，世界开始迎接“大海贼时代”的来临。时值“大海贼时代”，为了寻找传说中海贼王罗杰所留下的大秘宝“ONE PIECE”，无数海贼扬起旗帜，互相争斗。一个叫路飞的少年为了与因救他而断臂的香克斯的约定而出海，在旅途中不断寻找志同道合的伙伴，开始了以成为海贼王为目标的伟大冒险旅程。

角色能力每名角色都有各自的攻击属性如路飞的火炎、汉库克的石化等，将带有属性的攻击打中敌人，便会触发属性效果。玩家想要查看角色的攻击属性，可在角色的动作操作一览中确认角色的攻击属性。

《海贼无双3》一共可操作三十七人。游戏中除了特定的几个人物外，其他的所有角色都需要特定的解锁条件才能解锁。游戏在前作《海贼无双2》的基础上新增加了以下几个人物，藤虎、萨博、多佛朗明哥、麦哲伦、路奇、莫利亚、伊万科夫。